circRNA高通量測序實驗

circRNA高通量測序實驗概述

環狀RNA（circRNA）高通量測序是一種專門用于檢測和分析細胞中circRNA表達譜的技術。circRNAs是一類特殊的非編碼RNA分子，它們通過反向剪接形成閉環結構，這種結構使它們在細胞中相對穩定，不易被核酸酶降解。circRNAs在多種生物學過程中發揮作用，包括作為miRNA海綿、調控基因表達等，因此，對它們的研究對于理解細胞功能和疾病機制具有重要意義。

circRNA高通量測序實驗流程

circRNA高通量測序的實驗流程通常包括RNA提取、circRNA富集、cDNA合成、文庫構建和高通量測序。由于circRNAs缺乏poly(A)尾部，傳統的基于oligo dT的mRNA富集方法不適用于circRNA，因此需要采用特定的富集策略，如使用RNase R消化去除線性RNA，保留環狀結構。文庫構建則需要設計特定的引物和連接酶，以適應circRNA的閉合結構。測序平臺可以是Illumina的短讀測序，也可以是PacBio或Oxford Nanopore的長讀測序，后者能夠提供更長的讀取長度，有助于識別完整的circRNA分子.

circRNA高通量測序的應用

circRNA高通量測序技術在基礎生物學研究和臨床研究中的應用日益增多。它可以用于鑒定新的circRNA分子、分析circRNA的表達模式、研究circRNA與其他分子的相互作用，以及探索circRNA在疾病發生和發展中的作用。例如，通過比較疾病組織和正常組織中的circRNA表達譜，研究者可以發現與特定疾病相關的circRNA，這些circRNA可能作為疾病的生物標志物或治療靶點.

最新研究進展

最新的研究進展顯示，研究者們正在開發新的circRNA測序技術和分析工具，以提高檢測的靈敏度和準確性。例如，有研究提出了基于滾動圓形反轉錄和納米孔長讀測序的全長度circRNA測序方法（circFL-seq），這種方法能夠更有效地識別和定量普通和融合型circRNA的全長異構體。此外，還有研究開發了使用group II intron RT進行rolling circle reverse transcription的circRNA測序工作流（IMCR-seq），這種方法適用于多種物種，并且能夠處理低輸入總量的RNA樣本，這對于臨床樣本尤其有用。

綜上所述，circRNA高通量測序技術正處于快速發展階段，新的技術和分析方法的出現將大大推動circRNA研究的深度和廣度。